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SCIENCES

Parcours Bioinformatique et modélisation (BIM)

Objectifs de la formation et son encadrement dans un Programme International de Master de Sorbonne Université

Les enjeux actuels de la biologie et de la médecine engendrent des besoins nouveaux à l'interface avec l'informatique et les mathématiques : analyse de données complexes, outils de modélisation approfondis. Ceci nécessite de former des jeunes scientifiques ayant une vaste culture pluridisciplinaire. Ce parcours s'appuie donc sur l'expérience de divers départements (mathématiques, science de la Vie et médecine) et centres de recherche de Sorbonne Université et de deux partenaires internationaux, qui font partie d'un accord de Programme International de Master en "bioinformatique, biomathématiques et modélisation" (BIMM) entre Sorbonne Université, Université Libre de Bruxelles (Belgique) et Université de Leeds (Angleterre) et coordonné par le département d'informatique.

Les aspects nouveaux de ce parcours par rapport aux masters existant en France et à l'étranger : un programme de formation intégré à la biologie, mêlant algorithmique, combinatoire et statistiques pour la bioinformatique et modélisation mathématique ; des modules de recherche conçus pour mélanger les étudiants provenant de différentes disciplines ; des modules de mises à niveaux pour permettre l'acquisition des connaissances mais aussi d'un langage commun pour permettre des échanges ; des modules partagés par des enseignants de disciplines différentes. Cette collaboration dans un même module devrait enrichir la pédagogie "classique" disciplinaire et a pour but d'élargir l'esprit des étudiants.

Au sein du parcours nous souhaitons préparer nos étudiants à la recherche et aux applications dans ce domaine d'interface en s'appuyant sur des bases solides en Informatique. Le but principal du parcours est de préparer les étudiants au développement de nouvelles méthodes pour résoudre des problèmes des sciences du vivant. Il est donc essentiel qu'ils soient compétents dans leur domaine d'origine et qu'ils connaissent le langage et les problématiques des sciences biologiques et biomédicales. Le besoin de manipuler et d'analyser des larges quantités de données, demande que la formation des étudiants soit complémentée par des compétences en simulation numérique et en analyse statistique.

Les étudiants du parcours qui participeront au master international devront passer un semestre dans une université partenaire, à l'occasion du stage de M2 ou pour un semestre de cours. Certains cours de M2 seront assurés en anglais.

Équipe pédagogique du parcours

Les modules de M1 et de M2 du parcours seront assurés par des enseignants de disciplines différentes. Cette collaboration dans un même module devrait enrichir la pédagogie "classique" disciplinaire et a pour but d'élargir l'esprit des étudiants.

Vue la nature de la discipline et du flux d'étudiants qui suivront les cours proposés par le parcours, l'équipe pédagogique sera multidisciplinaire. Un travail important de l'équipe pédagogique sera réalisé pour :

  1. favoriser une interaction profitable entre étudiants de formations différentes. Conception de groupes de travail, cours interactifs avec présentation d'articles par les étudiants, présentation de travaux de recherche par des chercheurs invités de domaines différents, etc seront mises en place.
  2. permettre la révision des contenus des cours vis-a-vis des nouvelles méthodes et des nouvelles découvertes dans ce domaine en évolution rapide.

Débouchés professionnels

Le parcours BIM couvre des problématiques très pratiques et actuelles, comme la génomique et la fouille de grande quantités de données biologiques, ce qui assure des débouches professionnels de ce parcours. Elle aborde aussi des domaines plus prospectifs faisant l'objet de recherches de pointe dans nos laboratoires. On vise à ce que nos étudiants fassent une thèse dans des nombreux centres hors université : INRIA, Génoscope-CEA, INRA, etc. D'autres étudiants iront vers des labos (biologie, écologie, biomécanique, médecine...) universitaires. Le nouveau laboratoire de "génomique des microorganismes" crée à Sorbonne Université accueillera des étudiants "éventuellement intéressés à réaliser une thèse expérimentale avec une partie d'analyse en silico et des étudiants intéressés au développement de nouvelles méthodologies d'analyse de données en silico.

Organisation

Le parcours permet aux étudiants d'informatique d'acquérir des compétences dans le domaine de la bioinformatique et de la modélisation tout en assurant aux étudiants une formation d'informaticiens. Le développement de leurs connaissances en algorithmique et en intelligence artificielle leur permettront d'apporter des contributions méthodologiques originales dans ce domaine.

Pour garantir des bases solides en informatique, nous proposons une première année (M1) de cours approfondis en informatique partagés avec les parcours STL et IAD et couvrant les connaissances nécessaires en algorithmique, combinatoire et statistiques. Les étudiants suivront aussi des cours de statistiques et d'introduction aux bases de la biologie, à la bioinformatique et à la modélisation. Ces modules permettront aux étudiants de se familiariser avec la pluridisciplinarité grâce au contenu des enseignements et à travers la collaboration entre étudiants de disciplines différentes au sein du programme international de master BIMM, qui partagera ses cours avec le parcours.

La seconde année (M2) sera constituée par une partie de cours et un stage. Les cours de M2 seront, pour la plupart, donnés par au moins deux intervenants, dont l'un biologiste. Ceci permettra de s'assurer que les étudiants restent sensibles aux enjeux des problématiques en biologie. Une ample variété de cours de modélisation est d'ores et déjà proposée à Sorbonne Université. Nous assurerons en septembre 2009 dans ce parcours environ 10 nouvelles UE dédiées à la bioinformatique et à la modélisation.

Le parcours partage quelques UE de M1 et un grand nombre d'UE de M2 avec le parcours "mathématiques de la modélisation" de la mention mathématiques du master de la Faculté de Sciences et Ingénierie de Sorbonne Université, la mention "biologie moléculaire et cellulaire" et la mention "biologie intégrative et physiologie".

Publics visés

Le parcours s'adresse à un public d'étudiants scientifiques disposant de bonnes connaissance en informatique et/ou en mathématiques appliquées à l'informatique. Notamment les étudiants devrons démontrer d'avoir une formation en informatique générale incluant la maîtrise de l'algorithmique et de la programmation et une bonne connaissance des mathématiques de base (logique, algèbre, analyse, probabilités).

Le public de la première année est principalement constitué d'étudiants ayant obtenu une licence d'informatique ou de mathématiques (avec quelques UE en programmation et en algorithmique), mais d'autres parcours moins typiques sont aussi examinés. Par exemple, nous offrons la possibilité aux étudiants de Physique et Chimie de s'inscrire au Programme International BIMM et leur dossier sera considéré au cas par cas pour évaluer le parcours d'insertion le plus approprié, possiblement la parcours BIM. Seront particulièrement appréciés les dossiers des étudiants provenant des formations mathématiques ou informatique qui ont montré, durant leur cursus Licence, un intérêt pour les sciences de la vie.

Le public de deuxième année est constitué pour une part des étudiants de la première année, et pour l'autre part d'élèves provenant d'autres universités ou d'écoles d'ingénieurs et ayant démontré dans leur cursus d'étude un intérêt pour les sciences de la vie, les mathématiques appliquées à l'informatique et/ou l'informatique. Les dossiers seront évalués au cas par cas.

L'intégration de BIM dans le Programme international de master BIMM nous permet d'envisager une visibilité internationale du parcours et un flux d'étudiants provenant de l'étranger. Ils auront des formations compatibles à celles décrites ci-dessus.

Coordonnées

Coordonnées
Responsable
CARBONE Alessandra

Responsable
WEIGT Martin

Responsable administratif
AUGER Emilie

Adresse
Sorbonne Université
Bâtiment K, 1er étage
Case courrier 147
4 place Jussieu
75005 Paris


master.info.bim@upmc.fr

En savoir +

picto-flecheSite de la mention : http://www-master.ufr-info-p6.jussieu.fr/

28/02/18

Traductions :

Chiffres clés

La faculté des Sciences et Ingénierie compte :
79 laboratoires de recherche
21 fédérations de recherche
22 départements de formation
4 observatoires - l'Observatoire océanologique de Banyuls-sur-Mer - l'Observatoire océanologique de Villefranche-sur-Mer - l'Observatoire océanologique de Roscoff - l'Observatoire...

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