Après avoir été recruté à la Faculté des Sciences et Ingénierie (anciennement l'UPMC) comme ATER en 1992 puis Maître de Conférences en 1993, Jean-Christophe Larcher est professeur des universités en biologie depuis 2004.

Ses activités de recherche au laboratoire de "Biologie du Développement - Paris Seine" (UMR 7622, Sorbonne Université/CNRS) portent sur le polymorphisme des protéines, qu’il soit d’origine post-transcriptionnel et/ou post-traductionnel, en lien avec leur localisation intracellulaire ainsi que la régulation de leurs fonctions.

Il a été successivement vice-président B du Conseil des enseignements de l’UFR 927 (2001 - 2004), directeur des études (2004 - 2008) puis directeur (2008 - 2014) du département de formation “Biologie moléculaire et cellulaire” de master et enfin directeur du Collège des Licences de la Sorbonne au sein de Sorbonne Universités (2014 - 2017).

Il a également été co-responsable (2009 - 2011) puis responsable (2011 - 2013) de l'équipe de recherche "Cycle/différenciation cellulaire : analyse fonctionnelle du polymorphisme protéique" au sein du laboratoire de "Biologie du Développement - Paris Seine".