Un serveur web en libre-service pour mieux comprendre les interactions entre les protéines

Une équipe de recherche du Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative a créé un serveur web permettant d’analyser les interactions des résidus de protéines. L’objectif : aider l'utilisateur à explorer des groupes de résidus interagissants ou fonctionnellement reliés, éventuellement obtenues pour différentes sous-familles de séquences d'une protéine, d'accès difficile autrement.

Le serveur web d'analyse de coévolution piloté par la phylogénie iBIS2Analyzer permet l'affichage synchronisé de groupes d’acides aminés coévolués sur des alignements de séquences multiples, des structures et des séquences spécifiques. Il est applicable à une ou plusieurs protéines pour la découverte de signaux d’interaction ou de coopération fonctionnelle.
Crédit : Alessandra Carbone, LCQB, SU-CNRS

Repérer les signaux biologiques dans les sous-arbres grâce à une interface interactive

iBIS2 est conçu pour sélectionner et analyser de manière itérative des sous-arbres dans des arbres phylogénétiques, éventuellement de grande taille et comprenant des milliers de séquences. L’analyse de familles de protéines conservées ou caractérisées par un petit nombre de séquences, comme par exemple les protéines d’origine virale, sont aussi possibles. Avec iBIS2Analyzer, librement accessible à l'adresse http://ibis2analyzer.lcqb.upmc.fr/, l'utilisateur ou l’utilisatrice visualise, compare et inspecte des groupes de résidus coévolués en les mappant sur des séquences, des alignements ou des structures de son choix, ce qui simplifie considérablement les étapes d'analyse en aval. Une interface graphique riche et interactive facilite l'interprétation biologique des résultats.

Pour en savoir plus :

Oteri, F., Sarti, E., Nadalin, F., & Carbone, A. (2022). iBIS2Analyzer: a web server for a phylogeny-driven coevolution analysis of protein families. Nucleic Acids Research.

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