Une étude mondiale sur les microbes de 60 villes révèle que chacune d'entre elle possède une empreinte microbienne spécifique
Un consortium international a présenté la plus grande étude métagénomique mondiale sur des microbiomes urbain, qui couvrent à la fois l’air et les surfaces de 60 villes.
Ce projet international impliquant notamment un laboratoire et plusieurs UFR de Sorbonne Université, a permis le séquençage et l’analyse d’échantillons provenant des transports en communs de villes de six continents dont New York, Singapour, Barcelone, São Paulo, Paris et Marseille. Il présente ainsi une analyse et une annotation à large échelle des espèces microbiennes identifiées, incluant des milliers de bactéries, virus et deux archées qui ne figurent pas dans les bases de données de référence. Cette étude a été publiée le 26 mai 2021 dans la revue Cell.
Au sein Laboratoire de biologie computationnelle et quantitative de l'Institut de Biologie Paris-Seine (Sorbonne Université/CNRS/Inserm), l’accent a été mis sur une politique de sciences citoyenne. Par ailleurs, de nombreux personnels (gestionnaires, ingénieurs, enseignants et chercheurs) des UFR de Sciences de la vie et de Mathématiques, ainsi que des étudiants en Licence et Master d'Informatique et en Master de Biologie moléculaire et cellulaire font partie du Consortium International MetaSUB et ont pris part à ce projet.
L'étude a montré que chaque ville possédait son propre « écho moléculaire » des microbes qui la définissent. Cela implique qu’avec une chaussure, il est possible de déterminer avec une précision d’environ 90% la ville d’où vous venez. Les microbiomes urbains contiennent une grande quantité inexploitée de diversité virale jamais observée auparavant dans d'autres environnements. De nouveaux antibiotiques et de petites molécules, annotées à partir de grappes de gènes biosynthétiques, sont prometteuses pour le développement de médicaments.
Ces nouvelles recherches joueront un rôle dans la détection des épidémies d’infections connues et inconnues. Elles contribueront également à de nouvelles découvertes sur l’évolution de la vie microbienne et auront de nombreuses applications pratiques potentielles (nouveaux antibiotiques, nouveaux réseaux CRISPR1, …). Une rampe de métro ou un banc sont une abondance de biodiversité de nouvelles molécules pour les thérapies, au même titre qu’une forêt tropicale.
[1] En génétique, les Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (« courtes répétitions palindromiques groupées et régulièrement espacées ») sont des familles de séquences répétées dans l'ADN.
Référence :
Danko, D., Bezdan, D., Afshin, E. E., Ahsanuddin, S., Bhattacharya, C., Butler, D. J., Chng, K. R., Donnellan, D., Hecht, J., Jackson, K., Kuchin, K., Karasikov, M., Lyons, A., Mak, L., Meleshko, D., Mustafa, H., Mutai, B., Neches, R. Y., Ng, A., … C.E. Mason and The International MetaSUB Consortium (2021). A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance, Cell.