Une méthode pour comparer le métabolisme des eucaryotes photosynthétiques
Les réseaux métaboliques à l'échelle du génome permettent de modéliser l'ensemble des transformations chimiques connues au niveau du métabolisme d'un organisme donné. Leur comparaison à large échelle nécessite de s'affranchir des problèmes d'hétérogénéité parmi les génomes disponibles. Dans un article publié dans Genome Research, des scientifiques du Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (LBI2M, CNRS / Sorbonne Université) et de l'Institut de recherche en informatique et systèmes aléatoires (IRISA, CNRS /Université de Rennes), proposent une approche permettant de construire des réseaux de qualité homogène permettant de les comparer dans une perspective évolutive.
Pour en savoir plus, nous vous invitons à consulter l'article de la Station Biologique de Roscoff
Références : Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe
Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, Clémence Frioux, Catherine Leblanc, Simon M. Dittami, Samuel Blanquart, Gabriel V. Markov and Anne Siegel, Genome Research, juin 2023. DOI : https://doi.org/10.1101/gr.277056.122
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Gabriel Markov
Chargé de recherche
Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (CNRS / Sorbonne Université),
Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 Roscoff