Parcours Bio-Informatique et Modélisation (BIM)

Les aspects nouveaux de ce parcours par rapport aux masters existant en France et à l'étranger sont :

• un programme de formation intégré à la biologie, mêlant algorithmique, combinatoire et statistiques pour la bioinformatique et la modélisation mathématique ;
• des modules de recherche conçus pour mélanger les étudiants provenant de différentes disciplines ;
• des modules de mises à niveaux pour permettre l'acquisition des connaissances mais aussi d'un langage commun pour permettre des échanges ;
• des modules partagés par des enseignants de disciplines différentes. Cette collaboration dans un même module devrait enrichir la pédagogie "classique" disciplinaire et a pour but d'élargir l'esprit des étudiants.

Au sein du parcours nous souhaitons préparer nos étudiantes et étudiants à la recherche et aux applications dans ce domaine d'interface en s'appuyant sur des bases solides en Informatique. Le but principal du parcours est de préparer les étudiantes et étudiants au développement de nouvelles méthodes pour résoudre des problèmes des sciences du vivant. Il est donc essentiel qu'ils soient compétentes et compétents dans leur domaine d'origine et qu'ils connaissent le langage et les problématiques des sciences biologiques et biomédicales. Le besoin de manipuler et d'analyser de larges quantités de données demande que la formation des étudiants soit complété par des compétences en simulation numérique et en analyse statistique.

Le parcours BIM permet aux étudiantes et étudiants d'informatique d'acquérir des compétences dans le domaine de la bioinformatique et de la modélisation tout en assurant à ces derniers une formation d'informaticienne ou d'informaticien. Le développement de leurs connaissances en algorithmique, en intelligence artificielle ou en imagerie leur permettront d'apporter des contributions méthodologiques originales dans ce domaine.

Première année

Pour garantir des bases solides en informatique, nous proposons une première année (M1) de cours approfondis en informatique partagés avec les parcours ANDROIDE (Agents distribués, robotique, recherche opérationnelle, interaction, décision), DAC (Données, apprentissage, connaissances), IMA (Imagerie) et STL (Science et Technologie du Logiciel) et couvrant les connaissances nécessaires en algorithmique, combinatoire et statistiques. Les étudiantes et étudiants suivent aussi des cours de statistiques et d'introduction aux bases de la biologie, à la bioinformatique et à la modélisation. Ces modules permettent aux étudiantes et étudiants de se familiariser avec la pluridisciplinarité grâce au contenu des enseignements et à travers la collaboration entre étudiantes et étudiants de disciplines différentes au sein du Programme International de Master BIMM, qui partage ses cours avec le parcours.

Deuxième année

Les cours proposés dans cette deuxième année préparent les étudiantes et étudiants à poursuivre des recherches en bioinformatique et modélisation sur des sujets concernant l'évolution des séquences (ADN, ARN et protéiques), l'expression génique, la biologie structurale et la génétique des populations.

La liste des enseignements contient les programmes des UE proposées pour l'enseignement en M2 BIM ainsi que les cours qui pourront être choisis dans les masters de mathématiques ou biologie (dans les masters BMC et BIP). La cohérence dans les choix de chaque étudiant et étudiant est contrôlée par l'équipe pédagogique.

Au deuxième semestre, les étudiantes et étudiants devront effectuer un stage de recherche de 6 mois auprès d'un laboratoire, qui donnera lieu à un rapport écrit et à une soutenance.

Parcours international

Les étudiantes et étudiants du parcours qui participeront au master international (en partenariat avec l'Université Libre de Bruxelles, Belgique) devront passer un semestre dans une université partenaire, à l'occasion du stage de M2 ou pour un semestre de cours. Si la présence d'étudiantes et étudiants étrangers le demande, les cours de M2 peuvent être assurés entièrement en anglais. En outre au moins un cours de M2 est enseigné en anglais par un ou une professeure invitée étrangère.

Le parcours BIM s'adresse à un public de scientifiques disposant de bonnes connaissances en informatique et/ou en mathématiques appliquées à l'informatique. Notamment, les étudiantes et étudiants devront avoir une formation en informatique générale incluant la maîtrise de l'algorithmique et de la programmation et une bonne connaissance des mathématiques de base (logique, algèbre, analyse, probabilités, statistiques).

Admission en première année de master

Le public de la première année est principalement constitué d'étudiantes et étudiants ayant obtenu une licence d'informatique ou de mathématiques (avec quelques UE en programmation et en algorithmique), mais d'autres parcours moins typiques seront aussi examinés. Par exemple, nous offrons la possibilité aux étudiantes et étudiants de Physique et Chimie de s'inscrire à BIM. Seront particulièrement appréciés les dossiers des étudiantes et étudiants provenant de formations mathématiques ou informatique qui ont montré, durant leur cursus Licence, un intérêt pour les sciences de la vie.

Admission en seconde année de master

Le public de deuxième année est constitué pour une part des étudiantes et étudiants de la première année, et pour l'autre part d'élèves provenant d'autres universités ou d'écoles d'ingénieurs et ayant démontré dans leur cursus d'étude un intérêt pour les sciences de la vie, les mathématiques appliquées à l'informatique et/ou l'informatique. Les dossiers seront évalués au cas par cas.

Enfin, l'intégration de BIM dans le Programme International de Master BIMM offre une visibilité internationale pour la formation et un flux d'étudiantes et étudiants provenant de l'étranger. Ils auront des formations compatibles à celles décrites ici.

Recherche

Bio-informatique, modélisation de systèmes biologiques (laboratoire ou industrie). Le parcours BIM couvre des problématiques très pratiques et actuelles comme la génomique et la fouille de grande quantités de données biologiques, ce qui lui assure des débouchés professionnels. Il aborde aussi des domaines plus prospectifs faisant l'objet de recherches de pointe dans nos laboratoires. L'un des objectif du master est de fournir aux étudiantes et étudiants la possibilité d'une thèse dans de nombreux centres hors université : INRIA, Genoscope-CEA, INRA, etc. D'autres iront vers des laboratoires (biologie, écologie, biomécanique, médecine...) universitaires. Le Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative accueillera des personnes éventuellement intéressées par la réalisation d'une thèse expérimentale avec une partie d'analyse in silico et des étudiantes et étudiants intéressés par le développement de nouvelles méthodologies d'analyse de données in silico.

Industrie

Le parcours prépare aussi au travail dans des équipes de recherche et développement (laboratoires pharmaceutiques ou en biotechnologies) ou de création de logiciels spécialisés dans le domaine des sciences de la vie. Avec de l'expérience, l'étudiante ou l'étudiant sera capable d'occuper des positions de consultant, d'expert en développement de systèmes informatiques pour la biologie des systèmes, de chef de projet, de chercheur.