Laboratoire de biologie computationnelle et quantitative | LCQB
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Unité mixte de recherche
Le LCQB est un laboratoire interdisciplinaire travaillant à l'interface entre la biologie et les sciences quantitatives. Il est construit pour promouvoir une interaction équilibrée des approches théoriques et expérimentales en biologie et pour favoriser la définition de nouvelles questions expérimentales, l'analyse des données et la modélisation des phénomènes biologiques. Nos projets abordent des questions sur les structures et processus biologiques à travers la réalisation d’expériences de génomique fonctionnelle, d’ingénierie des génome et de biologie synthétique sur des organismes modèle (levure, micro-algue et bactérie), le séquençage des génomes, la génération in silico de nouvelles données biologiques qui restent aujourd'hui inaccessibles aux expériences, la modélisation mathématique et physique des systèmes biologiques, le développement de méthodes statistiques pour les données l'analyse, et la conception d'algorithmes originaux visant à des prédictions.
Équipes
- Analytical Genomics (Group Leader: Alessandra Carbone)
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Biology of Genomes (Group Leader: Gilles Fischer
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Evolution and immunology of pathogens (Group Leader: Igor Rouzine)
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Genetic Networks (Group Leader : Frederic Devaux)
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Mathematical Modeling in Biology (Group Leader: Delphine Salort)
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Statistical Genomics and Biological Physics (Group Leader: Martin Weigt)
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Synthetic and Systems Biology of Microalgae (Group Leader: Stéphane Lemair)
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Telomere & Genome Stability (Group Leader: Zhou Xu)
Direction
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Alessandra Carbone
Direction adjointe
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Gilles Fischer
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Martin Weigt
Administration
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Mylène Jomie
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+33 1 44 27 73 38
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Fabienne Velter
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+33 1 44 27 20 67
Communication
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Fabienne Velter
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+33 1 44 27 20 67
Tutelle hébergeante
- Sorbonne Université
Autres tutelles
- Centre National de la Recherche Scientifique | CNRS
58 membres
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Enseignants-chercheurs : 18
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Chercheurs : 4
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Personnels d'appui à la recherche : 1
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Doctorants : 19
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Post-doctorants : 7
- Microfluidic single cell microscopy
- OXford Nanopore Sequencing
- Pulse-field gel electrophoresis
- Microdissecator
- Microalga culture room
- Computer cluster
- Logiciels
Publications
Publications sur HAL - Archive ouverte
Toutes les publications sur HALLessons learned from the IMMREP23 TCR-epitope prediction challenge
Morten Nielsen, Anne Eugster, Mathias Fynbo Jensen, Manisha Goel, Andreas Tiffeau-Mayer, Aurelien Pelissier, Sebastiaan Valkiers, María Rodríguez Martínez, Barthélémy Meynard-Piganeeau, Victor Greiff, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Giancarlo Croce, Dana L Moreno, David Gfeller, Pieter Meysman, Justin Barton
ImmunoInformatics, 2024, 16, pp.100045. ⟨10.1016/j.immuno.2024.100045⟩. ⟨hal-04739275⟩
Expert-guided protein Language Models enable accurate and blazingly fast fitness prediction
Céline Marquet, Julius Schlensok, Marina Abakarova, Burkhard Rost, Elodie Laine
Bioinformatics, 2024, ⟨10.1093/bioinformatics/btae621⟩. ⟨hal-04801953⟩
Structure predictions of MuRF1-UBE2 complexes identify amino acid residues governing interaction selectivity for each MuRF1-E2 pair
Agnès Claustre, Maëlys Macheton, Lydie Combaret, Pierre Fafournoux, Daniel Taillandier, Julien Henri, Cécile Polge
10th Proteasome & Autophagy Congress, Nov 2024, Clermont - Ferrand, France. ⟨hal-04737498⟩
ScRAPdb: an integrated pan-omics database for the Saccharomyces cerevisiae reference assembly panel
Zepu Miao, Yifan Ren, Andrea Tarabini, Ludong Yang, Huihui Li, Chang Ye, Gianni Liti, Gilles Fischer, Jing Li, Jia-Xing Yue
Nucleic Acids Research, 2024, pp.gkae955. ⟨10.1093/nar/gkae955⟩. ⟨hal-04797383⟩
Coordonnées
Adresse physique
75005 Paris
Adresse postale
75005 PARIS
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+33 1 44 27 42 52
Institut de Biologie Paris Seine
Sorbonne Université
Bâtiment C, 3ème et 4ème étages
7-9 Quai Saint Bernard 75005 Paris