M1&M2 - Parcours Bioinformatique & Modélisation (BIM-BMC)
Les questions actuelles en biologie et en médecine nécessitent des compétences aux interfaces avec l'informatique et les mathématiques. Pour acquérir un bon niveau dans ces domaines, les mentions de master « Biologie moléculaire et cellulaire (BMC) », « Informatique » et « Mathématiques et applications » proposent un cursus construit dans une approche pluridisciplinaire. Ce parcours « Bioinformatique et Modélisation (BIM) » s'adresse à des étudiantes et étudiants ayant suivi une formation initiale diverse pouvant être en sciences de la vie, en informatique et/ou en mathématiques, en leur proposant des contenus communs et des enseignements adaptés à leurs cursus d’origine. Notre objectif pédagogique est d'aller à l'essentiel en terme de concepts, de méthodes et de techniques nécessaires à la modélisation informatique et mathématique des systèmes biologiques.
Organisation de la formation
Nous proposons une formation complète constituée par un cursus intégré sur deux ans, M1 et M2, avec une entrée dès la première année pour les étudiantes et étudiants titulaires d'une licence de biologie ou d'un diplôme équivalent. Le cœur de la multidisciplinarité de cette formation de niveau master est assuré par un ensemble d'unités d'enseignement communes aux différentes mentions de master. Des enseignantes et enseignants spécialistes de chacune de ces disciplines présentent les fondements de leur domaine ainsi que les applications se situant aux interfaces. Les aspects originaux de ces enseignements sont :
- un cursus de biologie fondamentale ;
- des enseignements de mise à niveau en informatique, mathématiques et statistiques en M1
- des cours communs réunissant les étudiantes et étudiants de biologie, d'informatique et de mathématique en M1 et M2
- des formations spécialisées conçues et présentées conjointement par des enseignantes et enseignants de disciplines différentes, permettant de répondre à une même question biologique en M2
Des réponses aux questions les plus fréquentes qui nous sont posées sont disponibles sur notre FAQ (Voir en bas de page).
La première année de Master de la spécialité BIM-BMC (M1) comprend 5 Unités d'Enseignement (UE) de 6 crédits (ECTS) par semestre. Un ECTS correspond à un enseignement de 10 heures. Les cours présentent les concepts fondamentaux de l'informatique, des statistiques ou des mathématiques en référence à des questions fondamentales en biologie. Ces enseignements s’organisent autour d’UE communes aux étudiantes et étudiants biologistes et informaticiens ou informaticiennes (indiquées par la suite avec une étoile *) et de cours spécifiques aux étudiantes et étudiants en biologie ou en informatique.
Premier Semestre (S1)
♦ UE de biologie
- 1- Régulation de l'expression des gènes : transcription, traduction et dégradation des protéines - MU4BM005
- 2- Structure et fonction des génomes -MU4BM007
♦ UE d’informatique
- 4- Méthodes et Algorithmes de Probabilités et Statistiques en Informatique – MAPSI/MU4IN601 *
- 5- Algorithmes sur les arbres et les graphes en bioinformatique – AAGB/MU4IN700*
- 6- DeepLife - MU4IN7005
Incluant une partie de Programmation en C spécifique aux étudiantes et étudiants de biologie
♦ UE de mathématiques
- 7- Systèmes dynamiques discrets et continus en biologie et médecine - MU4MA062 *
Second Semestre (S2)
♦ UE d’informatique
- Programmation avancée en Python - MU4BM748
- Statistiques en bioinformatique et algorithmes sur les séquences - SBAS/MU4IN701*
♦ UE de mathématiques
♦ "Anglais" (4L VAN1, 3 ECTS)
♦ Insertion professionnelle (OIP, 3 ECTS). Notez que les enseignements de cette UE ont lieu pendant le 1er semestre bien que les crédits (ECTS) comptent pour la validation des 30 ECTS du 2e semestre.
L’insertion professionnelle est un enseignement commun aux biologistes, aux informaticiennes et informaticiens ayant pour finalité de les aider à préparer leur projet professionnel et à mieux comprendre les besoins et les attentes du marché du travail.
Le parcours décrit est adressé aux étudiantes et étudiants provenant d'une formation en biologie, informatique, mathématiques ou physique.
The program is addressed to students from a background in biology, computer science, mathematics or physics.
La deuxième année de master de la spécialité "Bioinformatique & Modélisation" (M2) comprend 2 Unités d'Enseignement (UE) de 6 ECTS et 4 UE de 3 ECTS. Le premier semestre est complété par un enseignement d'ouverture de 6 ECTS. Un stage de 30 ECTS occupe tout le second semestre. Comme en M1, les enseignements s'organisent autour d'UE communes aux étudiantes et étudiants biologistes et informaticiennes ou informaticiens (indiquées par la suite avec une astérisque *) et de cours spécifiques aux étudiantes et étudiants en biologie ou en informatique.
Le premier semestre est précédé d'une semaine de rappel sous la forme d'un atelier interdisciplinaire traitant des concepts de mathématiques et de physique utilisés en biologie des systèmes. Cet atelier, qui n'est pas obligatoire, est fortement recommandé à celles et ceux qui ne sentent pas parfaitement à l’aise avec les concepts mathématiques.
Premier Semestre (S3)
♦ UE spécifiques aux étudiants de biologie
- 1- Structure, dynamique et évolution des réseaux génétiques - BIOSYS/5BM732 (3 ECTS)
♦ UE communes à la biologie et à l’informatique
- 2- Génétique des populations - GPOP/5IN752* (3 ECTS)
- 3- Réseaux biologiques et biologie des systèmes - RESYS/5IN754 * (3 ECTS)
- 4- Une unité d'enseignement de 6 ECTS à choisir entre :
- Statistiques pour la classification et fouille de données en génomique - SPLEX/5IN753 *
- ou Algorithmes en bioinformatique structurale: protéines et ARN - STRUCT/5IN755 * - 5- "Phylogénie et génomique comparative : méthodes mathématiques et algorithmes" - PHYG/5IN751 (6 ECTS)
- 6- "Des données de séquences à la génétique évolutive" - GENOM/5BM733 (3 ECTS)
♦ UE d'ouverture
Toutes les UE proposées de 3 ECTS en M1 ou M2 sur le campus ou hors campus sont éligibles comme UE d'ouverture, définies en accord avec la ou le responsable de la formation. L'UE d'ouverture peut correspondre en particulier à une UE de M1 ou de M2 (Informatique, BMC ou BIP), ou à un atelier de spécialisation (BMC). Il faut cependant s’assurer que l’UE choisie reste compatible avec l’emploi du temps. L’ UE d’ouverture suivante, a été mise en place par la spécialité "Bioinformatique & Modélisation" :
- 7- MEET-U 5IN757
Second Semestre (S4)
Le second semestre est consacré à la réalisation d’un stage de 6 mois en laboratoire ou en entreprise autour des thématiques de la spécialité Bioinformatique & Modélisation.
Le parcours décrit est adressé aux étudiantes et étudiants provenant d'une formation en biologie, informatique, mathématiques ou physique.
The program is addressed to students from a background in biology, computer science, mathematics or physics
Débouchés
Les laboratoires et les entreprises sont très demandeurs, dans tous les domaines des sciences de la vie, des connaissances et des compétences se situant à l'interface de la biologie, de l'informatique et de la modélisation mathématique. Cette formation permet ainsi aux étudiantes et étudiants soit de poursuivre en thèse, soit d’intégrer le marché du travail au niveau ingénieur ou ingénieure d’études. Le parcours prépare à la fois à la recherche académique dans des laboratoires dans les domaines de la génomique, la pharmaceutique, la médecine, l'écologie… mais il forme également au travail en entreprise, dans un contexte de recherche et développement (pharmaceutiques ou biotechnologies), de service en création de logiciels spécialisés dans le domaine des sciences de la vie…
Le parcours décrit est adressé aux étudiantes et étudiants provenant d'une formation en biologie, informatique, mathématiques ou physique
Publics visés
Le parcours BIM-BMC s'adresse à un public d'étudiantes et étudiants en biologie disposant de bonnes connaissances en informatique et en mathématiques. Les étudiantes et étudiants doivent pouvoir ainsi justifier d’une formation en informatique générale incluant la compréhension de l'algorithmique et de la programmation (variables, tests, boucles et tableaux) ainsi qu'une bonne assimilation des mathématiques de base (logique, algèbre, analyse et probabilités).
Cette page regroupe les réponses qui nous ont été les plus fréquemment posées sur la spécialité "Bioinformatique & Modélisation" de la mention "Biologie moléculaire et cellulaire".
Où dois-je m'inscrire, en BIM-BMC ou BIM-Info ?
Les étudiantes et étudiants en biologie, en informatique ou en mathématiques peuvent rejoindre cette spécialité en postulant à la mention concernée, respectivement BMC (BIM-BMC) pour les biologistes et Informatique pour les informaticiennes et informaticiens.
Pour ces derniers, les responsables pédagogiques sont Alessandra CARBONE et Martin WEIGT.
Existe-t-il des pré-requis pour s’inscrire en BIM-BMC ?
Il est très fortement recommandé d'avoir des bases solides en programmation pour aborder le M1. Les notions de mathématiques et de statistiques sont quant à elles nécessaires pour aborder les problématiques de modélisation.
Est-ce que je peux m’inscrire directement en M2 ?
Vous avez tout à fait le droit de postuler en M2 BIM-BMC si vous le souhaitez. Cependant, le Master a été conçu de manière intégrée sur deux ans pour permettre en M1 de renforcer les notions qui font défaut aux biologistes en informatique, statistiques et mathématiques. En effet, les étudiantes et étudiants biologistes et bioinformaticiennes et bioinformaticiens sont ensemble dans 90% des cours de M2. Il faut donc pouvoir suivre le niveau demandé en informatique et modélisation.
Si à la fin du M1 BIM-BMC je ne souhaite plus continuer en M2, que va-t-il se passer ?
Pendant le M1, vous suivrez des cours en biologie qui vous permettent de postuler dans un M2 BMC si vous le souhaitez. Ces enseignements sont surtout associés à la spécialité de génétique, mais vous n’êtes pas enfermé dans un parcours de 2 ans si vous souhaitez en sortir.
Est-ce que l’on peut faire un stage en M1 BIM-BMC ?
Du fait du grand nombre d’enseignement à suivre pour atteindre un bon niveau en biologie, informatique et modélisation, il n’est pas possible de faire un stage au second semestre de M1. Cependant, le second semestre se termine assez tôt, et il est possible si vous le pouvez de faire un stage facultatif de 2 mois pendant l’été pour voir à quoi ressemble le métier que vous avez choisi.
Comment se passe le recrutement pour les étudiantes et étudiants étrangers ?
Sorbonne Université utilise la procédure « Campus France » pour l'admission des étudiantes et étudiants étrangers venant de pays disposant d'un espace Campus France (voir liste sur le site Campus France). Consultez le site web régulièrement et assez tôt dans l’année, les procédures étant précoces pour l’obtention des visas par exemple. Pour les pays hors « Campus France », se reporter à la page dédiée.
En quelle langue sont fait les enseignements en BIM-BMC ?
Tous les enseignements de M1 sont en français. Les enseignements de M2 peuvent être dispensés en anglais.
Contacts
Secrétariat pédagogique
Département de formation : Master Biologie moléculaire et cellulaire (BMC)
Faculté des Sciences et Ingénierie - Sorbonne Université
Campus Pierre et Marie Curie
Bâtiment C, 1er étage, pièce 106
4 place Jussieu, 75252 Paris cedex 05
Responsables pédagogiques
Responsable pédagogique M1
Pr. Philippe Lopez
Responsable pédagogique M2
Pr. Ingrid Lafontaine