M2 - Parcours Biologie Cellulaire, Développement, Cancer : des cellules souches aux organismes

Introduction

Contacts

Objectifs

L'objectif de cette thématique est de fournir aux étudiantes et étudiants une expertise conceptuelle et méthodologique dans le domaine de la biologie du développement. Ce domaine de recherche a pour principal objet d'étude la formation de l'embryon mais s'intéresse aussi à la reproduction, à la régénération et aux cellules souches. La biologie du développement est au carrefour de plusieurs disciplines telles que la biologie cellulaire, la génétique et la biologie moléculaire. La compréhension des mécanismes fondamentaux des processus du développement peut ainsi être abordée en utilisant ces différentes approches. La biologie du développement contribue en outre à la compréhension de la cancérogenèse et des maladies génétiques du développement et ouvre la voie aux études d'approches thérapeutiques.

Cette thématique vise à assurer la formation de jeunes chercheurs et chercheuses capables de s'intégrer dans les laboratoires de recherche publics ou privés. Elle prend appui sur des équipes d'accueil clairement identifiées dans les Universités et les grands instituts de recherche, sur les réseaux de laboratoires européens et plusieurs laboratoires partenaires localisés à l'étranger. Cette thématique est intégralement enseignée en langue anglaise. 

Stage et mobilité

La réalisation d’un stage d'une durée maximale de six mois dans un laboratoire de recherche académique ou, plus rarement, en entreprise, permettra aux étudiantes et étudiants de parfaire leur formation pratique et théorique et de découvrir leur futur environnement professionnel. L’objectif principal est de les préparer à poursuivre en doctorat, soit en France, soit à l’étranger.

Nos partenariats d’échanges Erasmus avec les universités européennes associées au programme international de master associé au parcours offrent aux étudiantes et étudiants la possibilité d’une mobilité à l’étranger (Université de Lisbonne, Portugal ; Université d'Heidelberg, Allemagne ; Université Pompeu Fabra, Espagne).

Organisation générale des enseignements

L'organisation des enseignements est prise en charge par une équipe pédagogique qui assure le suivi et l'évaluation des étudiantes et étudiants. Cette équipe comprend :

L'obtention de 60 ECTS permet de valider l'année de M2. Ils se découpent selon le schéma suivant : UE de spécialisation (12 ECTS), UE d'analyse scientifique (6 ECTS), UE de projet scientifique (6 ECTS), UE d'ouverture (6 ECTS), UE de stage (30 ECTS).

Contacts

La biologie des cellules souches et leurs applications thérapeutiques sont des domaines de recherche en pleine expansion dans les sciences de la vie. Ces cellules se distinguent par deux propriétés essentielles : leur capacité à s’autorenouveler ou à se différencier. Comprendre leur régulation est donc crucial pour les biologistes et cliniciens étudiant la différenciation cellulaire, la reprogrammation, l’homéostasie et la réparation tissulaire. La recherche sur les cellules souches est également intimement liée au domaine du cancer puisqu’elle permet d’apporter un éclairage nouveau sur l’initiation des tumeurs et leurs résistances aux traitements. Enfin, l’émergence récente des organoïdes a eu un impact considérable sur la biologie des cellules souches, offrant de nouvelles perspectives pour comprendre le développement humain, les maladies et la relation entre biophysique et destinée cellulaire.

Cette thématique vise à offrir une formation théorique et pratique de haut niveau dans le domaine de la biologie des cellules souches, en abordant les principaux aspects mentionnés précédemment. L'enseignement reposera sur des conférences scientifiques animées par des spécialistes français et internationaux, couvrant des sujets de recherche émergents en biologie des cellules souches. Un atelier pratique complètera cette formation, permettant aux étudiants d'observer et de manipuler divers types de cellules souches (embryonnaires et adultes) et d’organoïdes. L'objectif est de fournir aux étudiants les connaissances nécessaires pour comprendre les concepts et techniques fondamentaux du domaine, ainsi que les enjeux cliniques, éthiques et juridiques associés.

Formation

La thématique "Biologie des cellules souches" s’appuie sur un enseignement de spécialisation (30 ECTS), théorique et pratique, et sur un stage d'une durée maximale de six mois qui se déroule dans un laboratoire d’accueil en France ou à l’étranger (30 ECTS). Cette thématique est intégralement enseignée en langue anglaise.

Public

Cette thématique est destinée aux étudiantes et étudiants scientifiques, ou issus du cursus médical ou pharmaceutique, ainsi qu’aux élèves des grandes écoles. Des connaissances approfondies dans les domaines de la biologie cellulaire, du développement et de la biologie moléculaire sont requises. Pour les étudiantes et étudiants inscrits en M1 dans la mention "Biologie moléculaire et cellulaire" de master, la validation de l’UE "Introduction à la Biologie des cellules souches" est souhaitable.

Débouchés

Cette thématique est destinée à former des spécialistes de haut niveau dans le domaine de la biologie des cellules souches. Il offre ainsi la possibilité aux étudiantes et étudiants de s’orienter vers les métiers de la recherche académique ou privée. Cette formation permet également de s’orienter vers d’autres métiers tels que la valorisation scientifique ou le conseil.

Comité scientifique

Contact 

Présentation générale de la thématique

La thématique "Bases moléculaires de l’oncogenèse", commune aux parcours "Biologie cellulaire, Développement, Cancer :  des cellules souches aux organismes" et "Génétique-Epigénétique", permet aux étudiantes et étudiants d’acquérir les notions essentielles pour comprendre les processus biologiques assurant notamment le contrôle du cycle cellulaire et le maintien de l’intégrité du génome, et comment ces processus sont altérés lors de l’initiation ou la progression tumorale. Selon l’UE de spécialisation choisie, ces aspects sont étudiés à l’échelle de la cellule ou de l’organisme entier. En alliant séminaires et travaux pratiques, les UEs de spécialisation, délivrées en partenariat avec l’Institut Pasteur et l’Institut Curie, intègrent les notions et techniques les plus récentes de la biologie, telles que (selon l’UE choisie) : 1) le peignage moléculaire pour comprendre les mécanismes d’instabilité génétique et l’immuno-précipitation de la chromatine pour analyser les relations fonctionnelles entre lésions de l’ADN et remodelage de la chromatine ; 2) le ciblage de mutations conditionnelles dans le génome de souris pour contrôler l’activation d’oncogènes ou l’inactivation de suppresseurs de tumeurs, ou encore la reprogrammation de fibroblastes en cellules souches, dont les propriétés sont voisines de celles des cellules cancéreuses ; 3) la reconstitution in vitro de fonctions cellulaires, et la visualisation des constituants cellulaires par les méthodes les plus récentes de microscopie confocale et d’imagerie dynamique, pour étudier l’organisation fonctionnelle de la cellule.

La thématique intègre 2 UE de spécialisation qui, dans leur diversité, permettent d’aborder tous les aspects de la biologie et de la génétique des tumeurs:

• Le Cours de Génétique et Epigénétique Moléculaires (MU5BM824) a pour objectif d’approfondir les aspects techniques et conceptuels de la recherche en génétique et en épigénétique, notamment dans le cadre de l’oncogenèse. Il vise à analyser les mécanismes régulant l’expression et la stabilité des génomes des cellules eucaryotes, ainsi que ceux qui contrôlent la progression dans le cycle cellulaire.
• Le Cours de Génétique de la Souris (MU5BM813) s’adresse aux étudiants souhaitant acquérir une formation complète à l’utilisation de cet animal comme système modèle des pathologies humaines, notamment le cancer. Il s’adresse également aux étudiantes et étudiants intéressés par la biologie des cellules souches (cellules ES, IPS, …) ou la biologie du développement - à ce titre, il peut être suivi par les étudiantes et étudiants des thématiques « Biologie des cellules souches » et «Biologie du développement » du parcours Biologie Cellulaire "Biologie cellulaire, Développement, Cancer :  des cellules souches aux organismes".

Organisation Pédagogique

Les étudiantes et étudiants choisiront l’un des deux cours de spécialisation décrits ci-dessus et délivrés en partenariat avec l’Institut Pasteur. Ces UE associent également l’UE projet et comptent pour 18 ECTS.

Ils suivent également l’UE d’analyse scientifique (6 ECTS) de leur parcours de rattachement.

Ils devront compléter leur formation en choisissant 6 ECTS d’UE(s) d’ouverture prise parmi l’offre de formation de Sorbonne Université ou d’autres universités et dont le choix sera à discuter avec l’équipe pédagogique. Les modules d’ouverture conseillés dans le cadre de la thématique BMO sont les cours de l’institut Curie “Génome non-codant” (MU5BM429) (6 ECTS), “Epigénétique, chromatine et organisation du noyau” (MU5BM460) (6 ECTS)  et « Biologie cellulaire et cancer » (MU5BM222, 3 ECTS), et le cours Sorbonne Université “Microenvironnement immunitaire, apoptose et cancer” (MU5BM577, 3 ECTS) et « Prolifération et mort cellulaire » (MU5BM285, 6 ECTS).

Enfin, ils devront trouver avant fin Septembre un stage dans un laboratoire de recherche (30 ECTS). Le choix du laboratoire et du thème de stage s'effectue en concertation avec l'équipe pédagogique. La liste des équipes d'accueil et les propositions de stage peuvent être consultées sur le site internet du master BMC (accès restreint, nous consulter). L’étudiante ou l'étudiant peut éventuellement effectuer son stage dans un laboratoire ne figurant pas dans cette liste sous réserve de l'accord de l'équipe pédagogique. Le stage s'étale sur toute la durée de l'année universitaire à l'exception des périodes occupées par les UE précédemment décrites. Il est validé par un rapport écrit et une soutenance qui se tient fin Juin, pour permettre aux étudiantes et étudiants qui le souhaitent de présenter les concours des écoles doctorales début Juillet.

Contacts

Introduction

Vous êtes passionnés par les organismes marins ? Vous voulez vous former pour mieux comprendre leurs particularités et les étudier afin de répondre à des questions biologiques variées (cellulaires, moléculaires, développementales, évolutives, physiologiques, etc) ? Cette thématique vous offre l’opportunité d’acquérir ces compétences à la fois d’un point de vue fondamental mais aussi d’un point de vue de la recherche appliquée, en s’appuyant sur les 3 stations marines de Sorbonne Université : Roscoff, Villefranche-sur-Mer et Banyuls-sur-Mer.
Nous proposons de former de jeunes chercheurs en sciences du vivant ayant acquis de solides bases, à la fois théoriques et expérimentales, en biologie marine afin de comprendre les concepts et mécanismes gouvernant le fonctionnement des organismes marins à différentes échelles (de la molécule ou cellule à l’organisme). De plus, cette thématique permet d’acquérir les méthodes d’étude et d’analyse propres aux organismes marins et à leur spécificité. Enfin, ce domaine de la biologie étant très transversal, la thématique aborde la biologie des organismes marins à l’aide d’approches intégrant les techniques d’omiques, de développement, de biologie de l’évolution, de biologie cellulaire et moléculaire.

Dans le milieu marin, si vous êtes plutôt intéressés.es par l'océanographie, l'écologie, les sciences de l'environnement, vous pouvez suivre les parcours « Fonctionnement des Écosystèmes Marins et Changements Globaux » et « Biodiversité et Conservation des Écosystèmes Marins » du master Sciences de la Mer.

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Formation

La thématique "Biologie Marine : de la molécule à l’organisme" s’appuie sur un enseignement de spécialisation (30 ECTS), théorique et pratique, ainsi que sur un stage long (30 ECTS) dans les laboratoires associés à la spécialité, situés en France ou à l’étranger. Cette thématique s’appuie fortement sur les 3 stations marines de Sorbonne Université donnant l’opportunité aux étudiants d’être au plus près de la recherche actuelle en biologie marine.
Les 30 ECTS d’enseignement correspondant au premier semestre du M2 permettent de former les étudiants à la maitrise des concepts et méthodes. Cette période inclut cinq unités d’enseignement. Au cours du semestre, l'ensemble des déplacements et hébergements en station est pris en charge par le master, les repas restant à la charge des étudiants.

UE de Spécialisation (12 ECTS)

Les étudiants suivront les deux UEs suivantes : 1: « Métazoaires marins et biologie de l’évolution » (MU5BM201, 6 ECTS – Banyuls-sur-Mer) Les cours magistraux renforcés par des travaux pratiques permettront d’étudier la biologie et la biodiversité des métazoaires. Au cours de cette UE, les étudiants aborderont des questions d’évo-dévo, de phylogénie moléculaire et verront les concepts liés à la notion d’homologie. Une part importante sera donnée aux aspects pratiques et à l’interaction avec les chercheurs de la station. Les étudiants aborderont aussi les méthodes de culture/stabulation des organismes marins animaux ainsi que les aspects réglementaires associés. 2 : « Biologie et Biotechnologie des Macroalgues » (MU5BM202, 6 ECTS- Roscoff) Les objectifs des enseignements proposés sont de transmettre des compétences et des connaissances théoriques et pratiques concernant la biologie, l’évolution, les bioressources et la biotechnologie des algues, principalement des macroalgues. Cette UE s’appuie fortement sur les recherches mises en œuvre dans la station biologique de Roscoff et permettra aussi aux étudiants d’aborder des aspects plus appliqués comme la biogénèse de produits naturels commercialement intéressants synthétisés par des algues ainsi que leur commercialisation. Le potentiel des composés naturels pour de nouvelles applications dans l‘agriculture, l‘alimentation, le fourrage, les cosmétiques, la santé et comme biocarburants sera présenté.

UE d'analyse scientifique (5BM051, 6 ECTS, Roscoff)

Suite à des séminaires portant sur les différentes techniques omiques appliquées aux organismes marins, l'étudiant présentera oralement un article majeur et récent dans ce domaine. L'objectif est d'acquérir les méthodes de présentation de données scientifiques, partant de l'analyse des données expérimentales et allant jusqu’à leur interprétation critique, en relation avec le contexte scientifique.

UE de projet scientifique (5BM091, 6 ECTS)

L'étudiante ou l'étudiant présentera un projet de thèse fictif sous la forme d’un rapport écrit (une dizaine de pages) et il défendra ce projet à l'oral. Ce projet devra obligatoirement s’intéresser à un organisme marin et pourra s’inspirer de la thématique du laboratoire où l'étudiant effectue son stage de master 2.

UE d'ouverture (6 ECTS)

Cette UE est choisie par l’étudiante ou étudiant en concertation avec l’équipe pédagogique parmi la liste d’UE proposée par le département de formation "Biologie moléculaire et cellulaire" de master ou par tout autre master de Sorbonne Université. Les cours privilégiés dans la thématique Biologie Marine sont les suivants : - Biologie du développement des organismes marins (MU5BM200 -Villefranche-sur-Mer) - Lumières et rythmes biologiques (MU5BIM07 – Banyuls-sur-Mer) - Biotests et Bioressources en Milieu Marin (MU5BEB45 – Banyuls-sur-Mer) - From marine metazoans to human cancer (MU5BM233 - Roscoff)

UE de stage (30 ECTS)

Ce stage s'effectue dans une équipe d'accueil sous la direction d'un maître ou maîtresse de stage et en concertation avec l'équipe pédagogique. La liste des équipes d'accueil et les propositions de stage peuvent être consultées sur la plateforme Moodle accessible uniquement aux étudiantes et étudiants inscrits à la mention BMC et sont regroupées par parcours (accès restreint, nous consulter). L’étudiante ou étudiant peut éventuellement effectuer son stage dans un laboratoire ne figurant pas dans cette liste sous réserve de l'accord de l'équipe pédagogique. Le stage, d'une durée maximale de six mois (6 mois à raison de 22 jours par mois et 7h par jour soit 132 jours ou encore 924 h de stage ; consécutifs ou non), s'étale sur toute la durée de l'année universitaire à l'exception des périodes occupées par les UE précédemment décrites.

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Public

Le parcours est ouvert aux étudiantes et étudiants universitaires et des grandes écoles ayant suivi une filière de M1 en biologie ainsi qu’à toute étudiante ou étudiant doté d’une solide formation initiale dans une discipline connexe (sciences de l’ingénieur, physique, chimie,…) et ayant une forte motivation pour les sciences du vivant. Cette spécialité concerne également les étudiantes et étudiants en médecine et pharmacie et sciences vétérinaires. Elle accueille des étudiantes et étudiants étrangers.

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Débouchés

Cette formation de master 2 oriente les étudiantes et étudiants vers une carrière de chercheuse ou chercheur dans la recherche publique et privée, mais s’ouvre aussi vers des métiers variés dans les domaines de la pharmacie, des biotechnologies, de la valorisation scientifique, du financement et du conseil.

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Comité Scientifique

L'organisation des enseignements est prise en charge par une équipe pédagogique qui assure le suivi et l'évaluation des étudiantes et étudiants. Cette équipe comprend :

• Karen Pottin (SU, IBPS)
• Stéphanie Bertrand, Laurence Besseau, Sophie Sanchez-Brosseau (SU, Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer)
• Agnès Boutet, Jonas Collen, Julie Morales, Arnaud Tanguy (SU, Station biologique de Roscoff)
• Carine Barreau et Elisabeth Christians (SU, Institut de la Mer de Villefranche)
• Eric Quéinnec (SU, ISYEB)

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Comité Pédagogique

• Karen Pottin (SU)
• Stéphanie Bertrand (SU)
• Agnès Boutet (SU)
• Carine Barreau (SU)

Contacts